Schmitter-Soto, Juan Jacobo. 1998. "Catálogo de los Peces Continentales de Quintana Roo". Guías Científicas Ecosur, Colegio de la Frontera Sur (México). 1-239 (ffm01480)
Schmitter-Soto, Juan Jacobo. 1998. "Diagnosis of Astyanax altior (Characidae), with a morphometric analysis of Astyanax in the Yucatan Peninsula". Ichthyological Explorations of Freshwaters. 8(4):349-358 (ffm00218)
Schmitter-Soto, Juan Jacobo. 2007. "A systematic revision of the genus Archocentrus (Perciformes: Cichlidae), with the description of two new genera and six new species". Zootaxa. 1603:1-78 (ffm01457)
Schmitter-Soto, Juan Jacobo & M.E. Valdez-Moreno, R. Rodiles-Hernández, A.A. González-Díaz. 2008. "Astyanax armandoi, a junior synonym of Astyanax aeneus (Teleostei: Characidae)". Copeia. 2008(2):409-413 (ffm00217)
Schmitter-Soto, Juan Jacobo. 2016. "A phylogeny of Astyanax (Characiformes: Characidae) in Central and North America". Zootaxa. (4109):101–130 (ffm00870) (摘要)
Schmitter-Soto, Juan Jacobo. 2017. "A revision of Astyanax (Characiformes: Characidae) in Central and North America, with the description of nine new species". Journal of Natural History. 51(23-24):1331-1424. DOI: 10.1080/00222933.2017.1324050 (ffm00869) (摘要)
Schmitter-Soto, Juan Jacobo & W.J. Matamoros, A. Valdés González. 2019. "Poecilia velifera". The IUCN Red List of Threatened Species. 2019:e.T191755A2002448. DOI: 10.2305/IUCN.UK.2019-2.RLTS.T191755A2002448.en (ffm01000) (摘要)
Schmitter-Soto, Juan Jacobo. 2020. "La ictiofauna cenotícola (peces de cenote) más relevante de la península de Yucatán". Bioagrociencias. 13(1):9-22 (ffm01039) (摘要)
Schmitter-Soto, Juan Jacobo. 2021. "Endangered freshwater fishes of the Yucatan Peninsula". Imperiled: The Encyclopedia of Conservation. 1-4. DOI: 10.1016/B978-0-12-821139-7.00085-4 (ffm00948) (摘要)
Schmitter-Soto, Juan Jacobo. 2021. "Validity of Rocio gemmata (Teleostei: Cichlidae)". Zootaxa. 4991(1):195-200. DOI: 10.11646/zootaxa.4991.1.13 (ffm11240)