The evolutionary history of Xiphophorus fish and their sexually selected sword: a genome-wide approach using restriction site-associated DNA sequencing

Resumen:

" Las técnicas de secuenciación de nueva generación (NGS) son ahora herramientas clave en la detección de diferencias genómicas poblacionales y de expresión génica en una amplia gama de organismos. Sin embargo, hasta ahora pocos estudios han utilizado tales datos para estimaciones filogenéticas. Aquí, usamos datos de NGS obtenidos a partir de ADN asociado a sitios de restricción de todo el genoma (RAD) (~66,000 SNPs) para estimar las relaciones filogenéticas entre las 26 especies de peces espada y platis (género Xiphophorus) de Centroamérica. Estudios previos, tanto basados en secuencias como en morfología, han diferido en sus inferencias sobre las relaciones evolutivas dentro de este género, particularmente a nivel de especie y entre agrupamientos monofiléticos. Mostramos que, utilizando un gran número de marcadores distribuidos por todo el genoma, podemos inferir las relaciones filogenéticas con una resolución sin precedentes para este género. Las relaciones entre los tres clados principales y las especies dentro de cada uno están altamente resueltas y son consistentes bajo máxima verosimilitud, inferencia bayesiana y máxima parsimonia. Sin embargo, también destacamos las precauciones actuales con este tipo de datos y análisis. Este género exhibe una historia evolutiva particularmente interesante en la que al menos dos especies pueden haberse originado mediante eventos de hibridación. Aquí, podemos inferir las líneas paternas de estas especies híbridas putativas. Usando el árbol basado en marcadores RAD, reconstruimos la historia evolutiva del rasgo sexualmente seleccionado de la “espada” y mostramos que pudo haber estado presente en el ancestro común del género. En conjunto, nuestros resultados destacan la extraordinaria capacidad de los datos de secuenciación RAD para resolver relaciones filogenéticas previamente problemáticas, particularmente entre especies relativamente cercanas. "