The evolutionary history of Xiphophorus fish and their sexually selected sword: a genome-wide approach using restriction site-associated DNA sequencing

Riassunto:

" Les techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS) sont désormais des outils clés pour détecter les différences génomiques de population et d’expression génique dans un large éventail d’organismes. Cependant, jusqu’à présent, peu d’études ont utilisé ces données pour des estimations phylogénétiques. Ici, nous utilisons des données NGS obtenues à partir de l’ADN associé aux sites de restriction (RAD) à l’échelle du génome (~66 000 SNPs) afin d’estimer les relations phylogénétiques entre les 26 espèces de porte-épées et platyfish (genre Xiphophorus) d’Amérique centrale. Les études antérieures, basées sur les séquences ou sur la morphologie, ont divergé dans leurs inférences des relations évolutives au sein de ce genre, en particulier au niveau des espèces et parmi les regroupements monophylétiques. Nous montrons qu’en utilisant un grand nombre de marqueurs répartis dans tout le génome, il est possible d’inférer les relations phylogénétiques avec une résolution sans précédent pour ce genre. Les relations entre les trois principaux clades et les espèces de chacun sont hautement résolues et cohérentes selon la vraisemblance maximale, l’inférence bayésienne et la parcimonie maximale. Cependant, nous soulignons également les précautions actuelles liées à ce type de données et d’analyses. Ce genre présente une histoire évolutive particulièrement intéressante, où au moins deux espèces peuvent être issues d’événements d’hybridation. Ici, nous sommes capables d’inférer les lignées paternelles de ces espèces hybrides putatives. À l’aide de l’arbre basé sur les marqueurs RAD, nous reconstituons l’histoire évolutive du caractère sexuellement sélectionné qu’est l’« épée » et montrons qu’il a pu être présent chez l’ancêtre commun du genre. Dans l’ensemble, nos résultats soulignent la capacité remarquable des données RAD à résoudre des relations phylogénétiques auparavant problématiques, en particulier parmi des espèces relativement proches. "