The evolutionary history of Xiphophorus fish and their sexually selected sword: a genome-wide approach using restriction site-associated DNA sequencing

摘要:

" 新一代测序（NGS）技术现在是检测众多生物种群基因组差异和基因表达差异的关键工具。然而，到目前为止，很少有研究利用此类数据进行系统发育估计。在本研究中，我们使用来自全基因组限制性位点相关 DNA（RAD）的 NGS 数据（约 66,000 个 SNP）来估计中美洲剑尾鱼和花鳉鱼属（Xiphophorus）全部 26 个物种的系统发育关系。以往基于序列和形态的研究在推断该属的进化关系上存在差异，特别是在物种水平和单系群之间。我们表明，通过使用大量分布在整个基因组的标记，我们能够以前所未有的分辨率推断该属的系统发育关系。三大主要类群及其内部物种之间的关系在最大似然、贝叶斯推断和最大简约法下均得到高度解析且一致。然而，我们也强调了该数据类型和分析方法需要谨慎解读。该属表现出特别有趣的进化历史，其中至少有两个物种可能通过杂交事件产生。在这里，我们能够推断这些假定杂交物种的父系谱系。利用基于 RAD 标记的系统树，我们重建了性选择“剑”特征的进化历史，并显示它可能存在于该属的共同祖先中。总体而言，我们的结果突出了 RAD 测序数据在解决先前存在问题的系统发育关系上的卓越能力，尤其是在相对密切相关的物种之间. "