Décrit initialement sous Cyprinodon macrolepis:
- Miller, Robert Rush. 1976. "Four new pupfishes of the genus Cyprinodon from Mexico, with a key to the C. eximius complex". Bulletin of the Southern California Academy of Sciences. 75(2):68-75 (ffm00172)
Conservation: Cyprinodon macrolepis est évalué par l'Union Internationale pour la Conservation de la Nature dans la Liste Rouge des espèces menacées comme étant (EN) en danger (1996).